Organizacja Katedry Histologii i Embriologii związana jest ściśle z prowadzoną działalnością naukową i dydaktyczną. W Katedrze Histologii i Embriologii funkcjonują dwa zakłady:

Zakład Cytofizjologii (kierownik: prof. dr hab. n. med. Piotr Czekaj). W ramach struktury organizacyjnej Zakładu Cytofizjologii działają cztery pracownie badawcze: hodowli komórek, biologii molekularnej, immunohistochemiczna oraz mikroskopii elektronowej.  Aktualnie, główne kierunki badań naukowych Zakładu Cytofizjologii dotyczą medycyny regeneracyjnej, ze szczególnym uwzględnieniem roli komórek macierzystych pozyskiwanych z łożyska ludzkiego, tkanki tłuszczowej i rogówki oka. Prowadzone są badania nad ich charakterystyką oraz możliwością wykorzystania w regeneracji narządów uszkodzonych przez czynniki toksyczne oraz procesy nowotworowe.

Zakład Cytofizjologii uzyskał status zakładu inżynierii genetycznej (ZIG). Obecnie prace ZIG koncentrują się na uzyskaniu indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych i ich zastosowaniu do regeneracji uszkodzeń kości.

Zakład Histologii (kierownik: prof. dr hab. n. med. Artur Pałasz), w skład którego wchodzi pracownia immunohistochemiczna, biochemiczna, pracownia analizy białek i kwasów nukleinowych oraz pracownia cyfrowej analizy obrazu. W obecnej chwili pracownicy Zakładu Histologii zajmują się następującymi zagadnieniami badawczymi:

• Analiza funkcji osi podwzgórzowo-przysadkowo-gonadalnej w aspekcie farmakologicznym;
• Wpływ leków antypsychotycznych na ekspresję neuropeptydów regulatorowych mózgowia szczurów;
• Neurobiochemiczne aspekty działania leków antydepresyjnych w warunkach narażenia na pole elektromagnetyczne;
• Farmakomodulacja procesu neurogenezy w mózgu dojrzałym ze szczególnym uwzględnieniem podwzgórza.

Dydaktyka: Pracownicy Katedry prowadzą zajęcia dydaktyczne z histologii dla I roku kierunku lekarskiego Wydziału Nauk Medycznych w Katowicach, SUM. Katedra Histologii i Embriologii realizuje również program dydaktyczny z przedmiotów: Histologia, Embriologia oraz Historia Medycyny dla studentów kursów anglojęzycznych: europejskiego (EU) i międzynarodowego (International). Prowadzone są także zajęcia w ramach przedmiotów: "Organizacja synaptyczna mózgu" i "Pisanie prac naukowych" dla studentów, odpowiednio I i II roku kierunku neurobiologia WNM w Katowicach.

Przy Katedrze Histologii i Embriologii działa Studenckie Koło Naukowe. W obu zakładach realizowane są prace doktorskie i magisterskie.